國不可一日無君,南京方面決定迅速確立新君,但崇禎諸子生死未卜,只能在皇室宗族中選立。
當時福王朱由崧、潞王朱常淓已逃至淮安,原本潞王朱常淓呼聲較高。兵部侍郎兼右僉都御史馬士英,聯合高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清等四鎮軍閥,立神宗之孫朱由崧為新帝。五月三日,福王朱由崧監國南京,五月十五日,朱由崧正式即皇帝位,定都南京,以次年為弘光元年,「南明」宣告成立。